Během implementace podnikového software může dojít k několika vážným komplikacím:

• Nečekané náklady
  Systém je mnohem nákladnější než se předpokládalo. Náklady mohou být zvýšeny nejen při samotné realizaci, ale také při následném provozu systému.
• Řešení je příliš složité
  Systém je tak složitý, že se uživatelé v systému nevyznají. Systém vyžaduje nákladné školení, správa je velmi komplikovaná. To má za následek zvýšení nákladů na provoz, je snížená zastupitelnost uživatelů. Zvyšuje se riziko chyb uživatelů z důvodu složitosti systému. Dochází k „byrokratizaci“ systému.
• Řešení je příliš pomalé
  Řešení ztěžuje a demotivuje uživatele k práci. Systém se stává nepoužitelným. Snaha o pozdější zrychlení vede k razantnímu zvýšení nákladů.
• Řešení obsahuje spoustu skrytých systémových chyb
  Skryté chyby se většinou objeví až po delším provozu. Tyto chyby mohou mít velmi vážné důsledky např. ztrátu důležitého dokumentu, nedokončený proces a podobně.
• Sociální riziko
  Různí uživatelé můžou mít různé protichůdné požadavky, které mohou paralyzovat návrh celého systému.
• Problémová integrace
  Systém není možné propojit s jinými řešeními. Pracně uložená data není možné jednoduše exportovat, či přímo komunikovat se software třetí strany. Často tento fakt znamená nepoužitelnost systému v budoucnu.
• Závislost na dodavateli software
  Přílišná závislost na dodavateli a nemožnost odejít ke konkurenci zvyšuje náklady na správu systému.
• Technologické riziko
  Nevhodně zvolený hardware, nevhodné, nekompatibilní, nebo zastaralé technologie. Hrozí nepoužitelnost systému v budoucnu, uživatelé jsou nuceni používat nepodporované technologie, které mohou být nebezpečné.
• Bezpečnostní riziko
  Zranitelnost vůči útokům, ztráta dat, falešný pocit bezpečí.
• Provozní riziko
  Systém může trpět častými výpadky, častý servisní zásah. Problém obnovit systém ze zálohy. Několikahodinová nedostupnost důležitého systému může znamenat velké finanční ztráty.